La película comienza con la fuga de un extraño y poderoso extraterrestre llamado Boris el animal. Es el último superviviente de la raza alienígena boglodita, que sobrevive mediante el ataque, toma, y ocupación de otros planetas habitados. Boris es un asesino, que fue capturado por el agente K y encarcelado en una prisión secreta en la Luna. K también pudo desplegar un sistema de defensa (denominado "Arca Net"), y evitar una invasión boglodita, logrando así su extinción. Sin embargo, Boris logra burlar la seguridad y destruir gran parte de la cárcel, para escapar y vengarse de K.

"La interpretación de Brolin es magistral, divertida, segura y un poco más que incómoda (...) El resto de 'Men in Black 3' es tan bueno como se podría esperar de una secuela innecesaria que se une a la fiesta con una década de retraso (...) Puntuación: ★★½ (sobre 4)"
Ty Burr: Boston Globe

"Esta comedia de acción medianamente inflada y enrevesada tiene suficientes momentos de inspiración como para borrar los recuerdos de la primera y abismal secuela del 2002 (...) Puntuación: ★★½ (sobre 4)"
Lou Lumenick: New York Post

"Puede que tus expectativas sean satisfactoriamente bajas y puede que acabes satisfactoriamente sorprendido cuando sean sobrepasadas"
A. O. Scott: The New York Times

"Sonnenfeld depende de la acción estruendosa y movimientos de cámara con hiperventilación para rellenar la historia. Desafortunadamente, hay un efecto que las técnicas de animación por ordenador no pueden emular: la verdadera diversión (...) Puntuación: ★★½ (sobre 4)"
Colin Covert: Minneapolis Star Tribune

"Esta animada 'trecuela' se queda muy cerca de la exuberancia de la primera 'Men in Black' (...) Una entretenida vuelta al pasado (...) Puntuación: ★★★ (sobre 4)"
Claudia Puig: USA Today

"La inesperada chispa entre Smith y Brolin hacen a 'MiB3' una diversión veraniega de primera (...) Puntuación: ★★½ (sobre 4)"
Peter Travers: Rolling Stone

"Mejor que la primera (...) Puntuación: ★★★ (sobre 4)"
Roger Ebert: Chicago Sun-Times

"Ofrece más de lo mismo pero con el suficiente repertorio de variables como para que el rencuentro merezca la pena (...) en el desenlace, aguarda una sorpresa que engrandece el conjunto."
Jordi Costa: Diario El País

"Blockbuster rutinario, formulario, elemental (...) Hay puntuales momentos de ingenio, (...) pero su conjunto es tan débil como la pata de un colibrí. (...) Puntuación: ★★ (sobre 4)"
Jordi Batlle Caminal: Diario La Vanguardia

"Un embolado al que le falta un guión redondo, que sufre la desgana de alguno de sus intérpretes (Tommy Lee Jones) y tiene un tono sentimentalista impropio de este universo satírico. (...) Puntuación: ★★ (sobre 5)"
Fausto Fernández: Fotogramas

"Barry Sonnenfeld volvió a la carga, y hay que decirlo: le salió mejor que lo que podía esperarse. (...) No será original, pero sí por momentos muy divertida."
Pablo O. Scholz: Diario Clarín

"'Hombres de negro 3' es una comedia para toda la familia, algo sentimental y que se adscribe a una fórmula probada en el primer film de la trilogía pero evita convencionalismos, y eso la separa de muchos de los productos de Hollywood pensados con espectador preadolescente."
Natalia Trzenko: Diario La Nación

"Las presencias de Will Smith, Tommy Lee Jones, Josh Brolin y Emma Thompson no alcanzan para salvar la película. Lo más interesante es su arista filosófica."
Ezequiel Boetti: Diario Página 12

"Con hábil mano del director Barry Sonnenfeld y efectos en 3D, Will Smith y Tommy Lee Jones entretienen."
Santiago García: Diario Tiempo Argentino

"El filme está dirigido por Barry Sonnenfeld, que tiene que remar bastante para sacar adelante una nueva entrega de la serie, perdida la originalidad de los inicios. A pesar de todo, se mantiene el excelente diseño de producción, elegante y sesentista en este caso."
Isabel Croce: Diario La Prensa

"Lo bueno es que una apuesta como ésta resiste cualquier exceso y, por ende, es capaz de sobrevivir hasta el hastío, con sus chistes de turno, sus efectos recargados y su inevitable condición de entretenimiento que se olvida a los pocos minutos."
Andrés Nazarala R.: Diario La Segunda

En Hombres de Negro(1997), se demostró que el nombre completo de J es James Darrell Edwards III. Por lo tanto, se puede suponer que el jefe de seguridad del Cabo Kennedy / Cañaveral se llama coronel James Darrell Edwards II.

Cuando J habla con K en la Sede de MIB en 1969, entre los muchos aliens caminando uno de ellos es Griffin, antes de que los Agentes J y K se encuentran con él en la fábrica.

Al parecer Will Smith tenia diferencias creativas con el director Barry Sonnenfeld sobre quién haría del hijo del coronel. Will sugirió que su hijo Jaden Smith debia desempeñar el papel, pero Barry no estuvo de acuerdo y le dio el papel a Cayen Martin en su lugar.

Esta fue la primera aparición de Will Smith en el cine desde Siete Almas(2008).

En Hombres de Negro el Agente J le pregunta al Agente K si alguna vez lo ha flaseado. El Agente K realmente lo hizo al menos 2 veces antes de ser un MIB. La primera vez cuando tenía 4 años de edad.

El actor ken-one Young hace de Wu, el dueño del restaurante de comida china. También hace de un personaje llamado Wu en la serie Deadwood.

Nicole Scherzinger escuchaba a Led Zeppelin para buscar el estado de ánimo para el papel de Lily Poison.

Esta es la primera película de Men in Black en la que Will Smith no canta una canción en la banda sonora de la película. Will había sugerido que él y su hijo Jaden Smith debian interpretar la canción principal de los créditos del final, pero esta idea fue rechazada por el director Barry Sonnenfeld, que no quiso que Jaden participase en la película. Molesto por esta decisión, Will decidió no grabar la pista del título principal aunque fuera el solo. Esto fue una oportunidad para Pitbull, quien terminó haciendo 'Back in Time' como la canción principal de la película.

Cuando Jay sale del edificio Chrysler en 1969, y va a la puerta del The Roosevelt Hotel. En 1969 el hotel al otro lado de la calle del edificio Chrysler estaba el Commodore Hotel. La apertura fue en 1919, fue reconstruido totalmente incluyendo cubierto con una fachada de cristal y reabierto en 1980 como el Hotel Grand Hyatt. El Roosevelt Hotel es en la esquina de la avenida Madison y la calle 45. Apertura en 1924, habría sido un mejor ajuste para 1969 en la ciudad de Nueva York que el vidrio moderna de la cubierta del Grand Hyatt.

El número CRM-114 hace dos apariciones en esta película en forma de texto que aparece en la pared exterior de la prisión Lunar Max (visto después de Boris estalla) y el ID del búnker en la playa de Cabo Cañaveral. Estos números son un guiño al director Stanley Kubrick, quien utilizó este número en su película ¿Teléfono rojo ?, Volamos Hacia Moscú (1964).

Michael Bay expresó su interés en dirigir esta película.

A pesar de hacer un personaje principal y ser de los que mas cobra, Josh Brolin no aparece en la película hasta el minuto 42, lo cual es más de un tercio de la pelicula.

Gemma Arterton iba a ser originalmente la joven Agente O, pero problemas de agenda impidió a Arterton tomar el papel.

De acuerdo con el trailer el Agente J viaja del 2012 al 1969, 43 años en el pasado. Se despierta y ve a un joven agente K, interpretado por Josh Brolin. Brolin es sólo 21 años y 5 meses más joven que Tommy Lee Jones, que interpreta al Agente K mayor.

Sacha Baron Cohen fue considerado para el papel de Boris.

Esta es la segunda película en una tercera parte de una saga que Steven Spielberg produjo en la que aparece el Apolo 11 en su historia. La primera fue Transformers: El lado oscuro de la Luna(2011) que se centra en un transformer descubierto por el Apolo.

Aunque las Torres Gemelas del World Trade Center ya estaban en pie (pero aún en construcción) en 1969, no se pueden encontrar en cualquier lugar en la película, pero la Torre de la Libertad (o One World Trade Center) se pueden ver en construcción cerca del final de la película

Retrasos en la producción obligaron a Alec Baldwin a caer de la película. Alec fue la elección original para hacer de X, el jefe de los Hombres de Negro en los años sesenta.

El maquillaje prostético de Jemaine Clement para su papel de Boris el Animal tomó al rededor de cuatro horas y media para ponerselo.

La película comenzó a filmarse sin un guión terminado, lo que llevó a un retraso en la producción para que el guión pudiese reescribirse y completarlo.

Frank el Pug no aparece en esta película, pero su imagen se ve en dos lugares: el apartamento de J, y un cartel de carnaval en Coney Island (visto cuando J es detenido).

El sistema de escape tirolesa se muestra en la plataforma de lanzamiento del Apolo realmente existía. Se instaló en el programa Apolo y mejorado para el programa del transbordador espacial. En algunos escenarios de emergencia pre-lanzamiento, la tripulación habría viajado en jaulas de acero bajo las líneas de tirolesa a búnkeres a prueba de explosión. Los astronautas en práctica utilizando el sistema como parte de su formación, pero nunca fue utilizado en una emergencia real.

El aspecto del pescado blanco "extraño" que se puede ver en la escena de la cocina del restaurante chino es en realidad un pez real, Psychrolutes marcidus (o blobfish)

El Agente K joven está usando el reloj que se convertirá en la fuente de luz para las Criaturas de la Grand Central Station Locke en Hombres de Negro II(2002). Esto se puede ver claramente cuando el joven agente K y J están comiendo tarta.

La mujer que vive en el apartamento de K en una línea temporal alternativa, es la misma mujer que en Hombres de Negro II(2002), era una camarera, a quien el personaje de Patrick Warburton se le dice que se case con ella y tengan un montón de niños.

Cuando el joven Agente K aparece por primera vez, él dice "Yo me haré cargo", es ka misma primera frase que K dijo en Hombres de Negro(1997).

En una escena se puede ver un cartel de la película Transformers: El lado oscuro de la Luna

Tommy Lee Jones y Josh Brolin que en esta pelicula interpretan al mismo personaje ambos protagonizaron No Es País Para Viejos.

En la escena de Cabo cañaveral hay varias banderas muchas de ellas están mal para la época en la que corresponde la escena (1969) Como por ejemplo: Una bandera de Papua Nueva Guinea cuando el país no obtuvo la independencia en 1975. La bandera de Grecia que se ve es la actual. En 1969, la bandera de Grecia era una cruz blanca sobre fondo azul llano. Hay una la bandera de Burkina Faso cuando en ese momento, Burkina Faso se llamaba Alto Volta, y la bandera era un tricolor horizontal rojo-blanco-negro. Pero para nosotros lo mas llamativo esta en la bandera de España que tiene en ella el escudo actual en lugar del escudo con aguila negra que tenia España en 1969

El jugador de baloncesto Yao Ming es un extraterrestre en una pantalla en el fondo de la sede de MIB

Bill Gates es un alien en una pantalla de fondo en la sede MIB.

David Beckham es un alienigena en una pantalla en el fondo de la sede de los MIB.

BUGEYES, el "creador" de ficción de un blog falso (www.themeninblacksuitsarereal.com) sobre las investigaciones relativas a los Hombres de Negro, hizo un cameo en la película como un agente MIB de fondo al principio de la película.

Yuri Lowenthal le pone la voz a Flaco el alien graffiti en una escena eliminada (que puede ver en el trailer), Yuri puso voz a Ben Tennyson en la serie de dibujos animados Ben 10; la familia Tennyson está conectada a los Plumeros, una organización similar a los Hombres de Negro.

Will Arnett es el Agente AA el compañero de J en la realidad alternativa.

Uno de los detenido en la sede de MIB en 1969 es el presentador de la radio Howard Stern

Lady GaGa es un alien en una pantalla en el fondo de la sede MIB, con sus alias como su nombre de lienigena.

Tim Burton es un extraterrestre en una pantalla en el fondo de la sede de MIB.

El director de la película Barry Sonnenfeld sale en la escena de los corredores de bolsa que se suicida en 1929.

Rip Torn hace de Alien con cabeza grande en el funeral de Z, que era el personaje de Torn en las entregas anteriores.

La maquilladora personal de Will Smith, Judy Murdock aparece como un alienígena de piel azul en el funeral de Z.

el famoso especialista de efectos especiales con maquillaje Rick Baker, aparece como el alien con un cráneo expuesto en el funeral de Z.

Chloe Sonnenfeld la hija del director de Barry Sonnenfeld aparece como la chica hippie que se encuentra con Boris en Coney Island en 1969. Ella también apareció en Hombres de Negro II(2002).